Per aggiornare la web ti basta inserire il nuovo installgojackweb.php ed eseguirlo, e lui pensa a sostituire il file gojackweb.php. Per aggiornare il php di base invece, ti basta sostituire il file gojack.php e quando lo esegui, (anche tramite web provando ad inviare un sms) ti dice lui se il file gojacksetting va sostituito. Nel caso della 2.8 va sostituito, mentre in quasi tutte le precedenti no. Se ti dice che il file va tolto, basta effettuare il reset dagli strumenti della web.
Quanto alla lentezza, non so proprio cosa dirti. La versione precedente era più veloce? prova a disattivare il log, e forse dovrebbe velocizzarsi un po. Ma per il resto dubito si possa fare granchè. Il processore durante l'invio lo vedi utilizzato al 100% dal task manager?