Alla fine ho fatto cosi:
1) copia dei dati dalla partizione danneggiata con MiniTool Power Data Recovery (con questo software i dati erano immediatamente visibili, anche senza scansione, mentre da windows erano inaccessibili). Un altro file manager da cui sembrava che i file fossero accessibili è xplorer2 pro.
2) Ripristino di vecchio backup di gennaio con norton ghost, sulla partizione danneggiata.
3) Ripristino dei soli file modificati o nuovi, con FreeFileSync opportunamente impostato.
Risultato: a parte qualche file perso, (ho controllato manualmente i file vecchi rimossi da FreeFileSync facendoglieli copiare in una cartella invece di eliminarli subito), il tutto funziona bene. Gli unici problemi dovuti all'operazione, sono stati:
1) Spariti i profili e le password di accesso a windows messenger, che ancora usavo (con l'apposito metodo per farlo funzionare ancora)
2)Problemi con la chiave di attivazione di microsoft office, sparita nel nulla. Devo reinstallare il pacchetto office.
3) Sparite tutte le password di chrome, Quindi non è solo un problema che si verifica quando si sposta chrome da un pc all'altro.
Per adesso quindi non ci sono altri problemi e direi che la procedura effettuata non da particolari problemi gravi al sistema. Mi ha ripristinato tutto, persino le ultime voci scritte in start -> esegui ed anche i programmi installati visibili in "installazione applicazioni"